• برنامه ريزي و تدوين خط مشي هاي لازم به منظور بهره گيري از ظرفيت هاي مناطق آزاد و ويژه اقتصادي در بخش هاي مختلف جهت افزايش توليد، ايجاد اشتغال، توسعه اقتصادي، توسعه گردشگري، توسعه مراکز علمي و آموزشي، عمراني و آباداني مناطق کشور، حضور در عرصه هاي توليد و بازارهاي منطقه اي و جهاني.
• ايجاد هماهنگي در روابط سازمان مناطق آزاد و ويژه اقتصادي با دستگاه هاي دولتي، عمومي و مردمي.
• بررسي و تصويب بودجه سالانه مناطق آزاد و ارسال به هيات وزيران با ساير مراجع ذيربط.
• پيشنهاد عزل و نصب اعضاي هيات مديره، بازرسان و مديرعامل سازمان هاي مناطق آزاد، هيات وزيران يا ساير مراجع ذيربط.
• بررسي و اعلام نظر درباره اصلاح طرح هاي جامع و کالبدي ارائه شده توسط مناطق و پيشنهاد نهايي آن به کميسيون اقتصادي دولت ساير مراجع ذيرط.
• بررسي و تهيه لايحه ايجاد مناطق جديد و ويژه اقتصادي.
• نظارت بر تحقق اهداف و ماموريت ها و عملکرد مناطق مناطق و گزارش نتايج آن از در شش ماه به هيات وزيران و ساير مراجع ذيربط.
• بررسي عملکرد سازمان هاي مناطق آزاد و کنترل کليه اسناد و مدارک سازمان هاي مناطق اعم از دفاتر، صورتهاي مالي، پرونده ها، قراردادها و مکاتبات مناطق آزاد و ويژه اقتصادي به منظور رعايت قوانين و مقررات مربوط.- تدوين و ارائه اساسنامه سازمان هاي دولتي جديد به منظور اداره منطقه ويژه اقتصادي مورد نظر به هيات وزيران.
• پيشنهاد در خصوص تعيين محدوده جغرافيايي، طرح کالبدي، نوع و حدود فعاليت مجاز هر يک از مناطق ويژه اقتصادي به هيات وزيران يا ساير مراجع ذيربط.
• انعقاد قرارداد بين دبيرخانه و سازمان مناطق ويژه اقتصادي در خصوص ملک و تصرف اراضي واقع در محدوده ويژه مورد نظر توسط اشخاص حقوقي غيردولتي قبل از صدور مجوز هيات وزيران.
• تدوين و ارائه آئين نامه هاي ضوابط، مقررات و دستوالعمل هاي اجرايي مرتبط با امور مناطق آزاد و ويژه اقتصادي جهت طرح و تصويب در هيات وزيران و ساير مراجع ذيربط.
• بررسي نظام نامه هاي فرهنگي مناطق آزاد.
• مشارکت در تعيين نقاط نظامي و امنيتي مناطق آزاد.
• بررسي و ارائه نظر درباره تعرفه هاي خدماتي مناطق آزاد.
• انجام وظايف دبيرخانه کميسيون ارزش افزده براي مناطق آزاد و ويژه اقتصادي.
• تهيه آئين نامه مالي معاملاتي سازمان هاي مناطق آزاد.
• تهيه ضوابط ثبت و فعاليت شرکت ها در مناطق آزاد.
• تنظيم هر گونه مواد قانوني يا مقررات و دستورالعمل هاي کلي لازم به منظور تسهيل در اجراي ماموريت هاي محوله به مناطق آزاد و پيگيري آنها تا مرحله تصويب و ابلاغ.
• رسيدگي به گزارش حسابرسي و بازرسي قانوني شرکت هاي تابعه سازمان هاي مناطق آزاد.
• نظارت بر برنامه ها، فعاليت هاي، عملکرد مناطق آزاد و ويژه اقتصادي.
• انجام ساير امور محوله از سوي مراجع ذيربط و ارائه نتايج حاصله.
• تنظيم و ساماندهي روابط في ما بين مناطق آزاد و ويژه اقتصادي با يکديگر و دستگاه هاي اجرايي و سازمان هاي مختلف وابسته به قواي سه گانه.
• کوشش مستمر در توسعه و تبليغ فعاليت هاي مناطق آزاد و ويژه اقتصادي و جذب سرمايه هاي داخلي و خارجي.
• انعقاد قرارداد لازم با موسسات و يا اشخاص ذيصلاح جهت استفاده از خدمات ايشان در زمينه انجام وظايف و ماموريت هاي مرکز.
• شرکت موثر در برنامه ريزي کلان و استراتژيک اقتصادي و صنعتي مرتبط با مناطق آزاد و ويژه اقتصادي.
• بررسي تقاضاي مربوط به ايجاد مناطق آزاد و ويژه اقتصادي جديد و تهيه و ارائه طرح هاي توجيهي به مراجع ذيربط و پيگيري و تصويب طرح و لوايح مرتبط با ايجاد مناطق در مجلس شوراي اسلامي./م