در تبصره 20 قانون برنامه پنج ساله اول توسعه اقتصادي، اجتماعي و فرهنگي جمهوري اسلامي ايران مصوب سال 1368 چنين آمده است:
به منظور پشتيباني توليد، گمرک ايران و سازمان بنادر و کشتيراني موظفند حداکثر ظرف شش ماه از تاريخ تصويب اين قانون، مناطق ويژه حراست شده اي را در مبادي ورودي و يا گمرکات داخلي جهت نگهداري به صورت اماني مواد اوليه و قطعات و ابزار و مواد توليدي که بدون انتقال ارز وارد مي شود تاسيس نمايند.

ورود کالا از مناطق مذکور جهت مصرف داخلي، تابع مقررات صادرات و واردات خواهد بود. صاحبان کالا مي توانند بدون هيچ گونه تشريفات، کالاي وارداتي خود را از مبادي مذکور، از کشور خارج نمايند. آئين نامه اجرايي اين تبصره به تصويب هيات وزيران خواهد رسيد.

 در بند «د» تبصره25 قانون برنامه دوم پنج ساله توسعه اقتصادي، اجتماعي و فرهنگي جمهوري اسلامي ايران مصوب سال 1372نيز آمده است:
1-  به منظور پشتيباني از توليدات داخلي و توسعه صادرات غير نفتي و ايجاد تحرک در اقتصاد منطقه اي دولت مي تواند مناطق ويژه حراست شده اي را در مبادي ورودي و يا گمرک هاي داخلي ايجاد نمايد. ورود کالا از مناطق مذکور جهت مصرف داخلي، تابع مقررات صادرات و واردات خواهد بود و صدور کالا از اين مناطق بدون هيچ گونه تشريفاتي انجام خواهد شد.
2-  مناطق ويژه حراست شده که به موجب تبصره 20 قانون برنامه اول توسعه ايجاد شده اند، بايستي فعاليت خود را با مفاد اين تبصره و آئين نامه اجرايي آن تطبيق دهند.

 از آنجا که در قانون برنامه اول و دوم از اين مناطق به عنوان مناطق حراست شده گمرکي نام برده شده بود، شوراي عالي در جلسه مورخه 1374/3/25به منظور زدودن هر گونه ابهام، عنوان (منطقه ويژه اقتصادي) را جهت اطلاق به مناطق موضوع بند «د» تبصره (25) قانون برنامه دوم برگزيد. هيات وزيران در جلسه مورخه 1367/9/30 باستناد اصل 138 قانون اساسي، مسئوليت مناطق آزاد و مناطق ويژه اقتصادي را به شوراي عالي مناطق آزاد محول کرد.

 در سال 1388 هیات وزیران طی مصوبه 159176/ت 43505 ه مورخ 1388/8/10، شورای هماهنگی امور مناطق آزاد و ویژه اقتصادی ( مرکب از  وزرای امور اقتصادی و دارایی، صنایع و معادن، بازرگانی، معاون برنامه ریزی و نظارت راهبردی رئیس جمهور، رئیس دفتر رئیس جمهور به عنوان رئیس شورا – و رئیس مرکز مناطق آزاد تجاری صنعتی به عنوان دبیر شورا) را تشکیل و وظایف و اختیارات هیات وزیران در قانون چگونگی تشکیل و اداره مناطق آزاد تجاری – صنعتی مصوب سال 1372 و اصلاحات بعدی آن ( به استثنای تبصره (2) ماده (1) قانون مذکور ) و قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی جمهوری اسلامی ایران – مصوب سال 1384 – (به استثنای تبصره (2) ماده (1) قانون مذکور )  را به وزرای عضو این شورا تفویض نمود.

 در حال حاضر 17 منطقه ويژه اقتصادي در سراسر کشور کشور تاسيس شده  و انتظار می رود با نهایی شدن روند قانونی تشکیل 23 منطقه پیشنهادی جدید، این مناطق نیز به جرگه مناطق ویژه موجود کشور بپیوندند.